Tudi raziskave v Tromsoju ne utečejo tukajšnjim hladnim razmeram in ribam, ki jih imajo tako radi. Tako se na delu ukvarjam s proteini, ki prihajajo iz mraza ljubeče bakterije. Ta bakterija pa zajeda ribo, ki ima spet rada mraz in plava po vodah severnoatlantskega oceana (Atlantski losos, Atlantska trska). Ker na Norveškem ribogojništvo zelo razširjeno je vsem v interesu preučiti to bakterijo (Aliivibrio Salmonicida) in zmanjšati velike denarne izgube, ki jih povzroča. Na srečo Norveških ribogojcev, se torej večina projektov NorStructa tiče Aliivibrije, na mojo srečo, pa moje delo še zdaleč ni povezano z ribami, ampak zajema veliko širši kontekst.

Če povzamem na kratko, poskušam na delu izolirat vse encime sintetske poti sialicilne kisline. Zakaj je sialicilna kislina pomembna? Površina naših celic je v veliki meri prekrita s sialicilno kislino, ki je neko skupno ime za več sladkornih molekul, v večini primerov pa to ime uporabljamo za glavnega predstavnika, neuraminsko kislino. Ker imunski sistem ločuje med nezaželjenimi tujki in našimi celicami na otip, lahko nam škodeželjna bakterija temu uteče s tem, da se prekrije in zakamuflira s plaščem sialicilne kisline. Imunski sistem je potem ne bo zmogel prepoznati. Do pred kratkim te sposobnosi bakterij niso poznali, mislili so da takšne sialicilno kislino proizvajajo le višji organizmi. Sedaj pa je omenjeno kamufliranje opaženo pri veliko parazitih in izgleda, da je to mogoče ena ključnih lastnosti, ki omogoča okužbo gostitelja. Sposobnost sinteze molekul za kamuflažo in njena regulacija lahko tako predstavljata eno ključnih interakcij med gostiteljem in parazitom. Neuraminska kislina pa je to sezono še posebej aktualna, saj se prav virus gripe pred vstopom v naše celice pritrdi nanje z vezavo na neuraminsko kislino. Slavni tamiflu pa ni nič drugega kot plagiat, posnetek neuraminske kisline, ki potem virusu povzroča težave pri izhodu iz celice (za biokemike: inhibitor neuramidaze, ki virusu omogoča odcep iz okužene celice).

Področje je torej vsekakor zanimivo, ali je zanimivo tudi moje delo? Obstaja torej 7 encimov za 7 kemijskih reakcij sinteze neuraminske kisline in malo več genov iz operona za sintezo legionaminske kisline, jaz po moram naredit vsaj kaj napredka pri izolaciji kakšnega od proteinov. To velikokrat pomeni ugotoviti, kaj ne deluje. [mama, tata pozor: do konca tega odstavka je več strokovnih izrazov – lahko preskočiš] Primer moje mentorice je, da je po mescih čiščenja in ukvarjanja s kristalizacijo lahko zaključila le, da ne kristalizira in da rabi nov konstrukt s čim drugim namesto His taga. Jaz kristalizacije ne delam, samo transformiram in čistim na različnih kolonah. Eni proteini so bolj ubogljivi kot drugi, moj najljubši ne tvori aktivnega trimera, če ima C-končni His Tag, ob N-končnem His Tagu ni topen, z nativnim brez His Taga pa ni tako lahko delat, poleg tega se ga na elucijskem diagramu sploh ne vidi, saj nima triptofanov, ki največ prispevajo k absorpciji A₂₈₀. Z barvnimi reakcijami se frakcijam tudi ne da slediti, ker ni še splošnega soglasja o pravem zaporedju reakcij v sintetski poti in testi aktivnosti sploh še ne obstajajo. Delo je torej polno težav in izzivov, odvisno kako gledaš. Le malokrat se dolgočasim, saj je dela ogromno, in še manjkrat se mi je zgodilo, da na delo ne bi želel iti.

Konec z detajli, omenit moram še eno od stvari, ki so mi najbolj všeč, če primerjam naše Slovenske raziskave in raziskave tukajšnjega NorStructa. Veliko projektov je tukaj povezanih z industrijo in septembra je v Nature Botechnology izšel članek o arktični bioindustriji. Njegov naslov “The cold rush [pdf]” nalašč asociira na gold rush oz. ameriško zlato mrzlico in s tem kar dobro opisuje vzdušje raziskav. Pri tej novi mrzlici se velikokrat omenja izraz bioprospecting, kar pomeni odkrivanje in izkoriščanje biološke raznovrstnosti. Verjetno ste kje že prebrali, da so znanstveniki v tropskih gozdovih odkrili neko rastlino ali polža, ki vsebuje zdravilo za raka. V tropih namreč obstaja največje število vrst na kvadratni meter, kar pomeni veliko različnih biokemij in zanimivih substanc. Gazenje čez tropska močvirja danes ni več tako kul, to so počeli v 80ih, vse je počasi zamrlo v devetdesetih z naključno sintezo organskih inhibitorjev in screeningom za uspešne zadetke. Zdaj pa narašča zanimanje v unikatne organizme iz Baltskega morja, ampak očitno je tukaj dovolj odbitkov z unikatno na mraz prilagojeno biokemijo.  Bioprospecting na severu je danes “in fashion” in Norveška vlada bo projektom, ki se ukvarjajo z bioprospectingom, po predvidenem načrtu vsako leto namenila več denarja. Glavni bioprospecting projekt vključuje zajemanje vzorcev in živali po morju in morskem dnu morja na poti na Svalbard, ki jih potem prinesejo domov, da lahko z roboti prečešejo te neskončne količine vzorcev in morda bo kakšen imel zanimivo biološko aktivnost. Novi podoktorant poskuša tukaj izolirat celotno prokariontsko DNA iz peščenih vzorcev – metagenom morskega dna in pripravit knjižnico za screening različnih aktivnosti proteinov. Še ena reč, ki je zelo uporabna so hladno ljubeči encimi, ki imajo zelo visoke katalitične sposobnosti in veliko jih je že patentiranih in v prodaji.

Pomembna razlika pa je seveda tudi denar in boljša oprema, ki iz tega sledi. Črpalke za kolone, že narejeni geli, instant gojišča iz vrečke, plastične kivete in pipete za enkratno uporabo, vse kar ti olajša in pospeši delo in pa seveda svoja pisalna miza s svojim računalnikom, ki mi je na prvi dan dela narisala nasmeh od enega do drugega ušesa.